Erstmals wurde 1361 eine Burg an der Mündung des Neris in die Memel erwähnt. Diese Burg wurde wiederholt von Rittern des Deutschen Ordens zerstört. 1408 erhielt die Siedlung bei der Burg Magdeburger Stadtrechte. Nach 1410 wuchs die Bedeutung der Stadt als Handelszentrum, was sich auch in der Eröffnung eines Hansekontors 1440 äußerte.

1732 zerstörte ein Brand die Stadt, ws sie weit zurückwarf. 1831 wurde Kaunas russische Gouvernementshauptstadt. Nach der Wiedererlangung der litauischen Unabhängigkeit eroberten polnische Truppen die Hauptstadt Wilna. Daher wurde Kaunas 1920 provisorische litauische Hauptstadt. Neue Stadtviertel wurden angelegt und eine Universität eröffnet. 1940 eroberten sowjetische Truppen Kaunas, von 1941-1944 befand sich die Wehrmacht in der Stadt. In dieser Zeit wurde die jüdische Bevölkerung in ein Ghetto gesperrt und fast vollständig in einem eigenen Vernichtungslager ermordet. Von 1944 bis zur erneuten Wiedererlangung der litauischen Unabhängigkeit gehörte Kaunas zur Litauischen Sowjetrepublik, deren Hauptstadt erneut Wilna wurde.

Ein wirtschaftlicher Standortvorteil der Stadt ist die Lage an der Hauptverkehrsachse Warschau - Riga - Tallinn (sog. Via Baltica). Kaunas liegt insofern verkehrsgünstiger als die litauische Hauptstadt Wilna, welche sich sehr nahe der EU-Außengrenze zu Weißrussland und damit verkehrstechnisch in einer Art "totem Winkel" befindet.

Es bestehen Verbindungen nach Wilna, Šiauliai, Kaliningrad und Warschau.

Fernbusse fahren in sehr viele litauische Kleinstädte, in sämtliche Nachbarländer und viele größere Städte in anderen Ländern der Europäischen Union.

Kaunas besitzt ein Omnibus- und ein Trolleybusnetz.

Sehenswert ist die Altstadt Senamiestis mit vielfältiger Gastronomie und vielen gut erhaltenen Bauwerken, insbes. das Rathaus (in der Umgangssprache "Schwan" genannt, wegen seiner hohen, weißen Gestalt) . Hinzu kommen viele Parks und Museen. Bei Kaunas befindet sich ein großer Stausee namens Kaunasser Meer (Kauno marios).